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在 Amazon ParallelCluster 上运行首个作业

本教程将引导您完成在 Amazon ParallelCluster 上运行第一个 Hello World 作业的过程。

验证安装

首先，我们验证 Amazon ParallelCluster 是否已正确安装和配置。

$ pcluster version

这将返回正在运行的 Amazon ParallelCluster 版本。如果输出为您提供有关配置的消息，您将需要运行以下命令来配置 Amazon ParallelCluster：

$ pcluster configure

创建您的第一个集群

现在应该创建您的第一个集群了。由于本教程的工作负载不是性能密集型的，因此，我们可以使用 t2.micro 的默认实例大小。（对于生产工作负载，您需要选择最适合您的需求的实例大小。）

我们将您的集群称作 hello-world。

$ pcluster create hello-world

创建集群时，您会看到类似以下内容的输出：

Starting: hello-world
Status: parallelcluster-hello-world - CREATE_COMPLETE
MasterPublicIP = 54.148.x.x
ClusterUser: ec2-user
MasterPrivateIP = 192.168.x.x
GangliaPrivateURL = http://192.168.x.x/ganglia/
GangliaPublicURL = http://54.148.x.x/ganglia/

消息 CREATE_COMPLETE 显示该集群已成功创建。输出还为我们提供头节点的公有 IP 地址和私有 IP 地址。我们需要此 IP 以进行登录。

登录到头节点

使用您的 OpenSSH pem 文件登录到头节点。

pcluster ssh hello-world -i /path/to/keyfile.pem

登录后，请运行命令 qhost 以验证您的计算节点是否已设置和配置。

$ qhost
HOSTNAME                ARCH         NCPU NSOC NCOR NTHR  LOAD  MEMTOT  MEMUSE  SWAPTO  SWAPUS
----------------------------------------------------------------------------------------------
global                  -               -    -    -    -     -       -       -       -       -
ip-192-168-1-125        lx-amd64        2    1    2    2  0.15    3.7G  130.8M 1024.0M     0.0
ip-192-168-1-126        lx-amd64        2    1    2    2  0.15    3.7G  130.8M 1024.0M     0.0

输出显示我们的集群中有两个计算节点，两者都有 2 个线程可用。

使用 SGE 运行首个作业

接下来，我们将创建一个作业，该作业睡眠一小段时间，然后输出它自己的主机名。

使用以下内容创建名为 hellojob.sh 的文件。

#!/bin/bash
sleep 30
echo "Hello World from $(hostname)"

接下来，使用 qsub 提交作业，并验证其是否运行。

$ qsub hellojob.sh
Your job 1 ("hellojob.sh") has been submitted

现在，您可以查看您的队列并检查该作业的状态。

$ qstat
job-ID  prior   name       user         state submit/start at     queue                          slots ja-task-ID
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
      1 0.55500 hellojob.s ec2-user     r     03/24/2015 22:23:48 all.q@ip-192-168-1-125.us-west     1

输出显示此作业目前处于运行状态。请等候 30 秒，以便作业完成，然后再次运行 qstat。

$ qstat
$ 

现在，队列中没有作业，我们可以检查当前目录中的输出。

$ ls -l
total 8
-rw-rw-r-- 1 ec2-user ec2-user 48 Mar 24 22:34 hellojob.sh
-rw-r--r-- 1 ec2-user ec2-user  0 Mar 24 22:34 hellojob.sh.e1
-rw-r--r-- 1 ec2-user ec2-user 34 Mar 24 22:34 hellojob.sh.o1

在输出中，我们会看到作业脚本中的“e1”和“o1”文件。由于 e1 文件为空，因此没有内容输出到 stderr。如果我们查看 o1 文件，我们可以看到作业的输出。

$ cat hellojob.sh.o1
Hello World from ip-192-168-1-125

输出还显示我们的作业已在实例 ip-192-168-1-125 上成功运行。

要了解有关创建和使用集群的更多信息，请参阅最佳实践。