HealthOmics 使用示例 Amazon CLI

以下代码示例向您展示了如何使用with来执行操作和实现常见场景 HealthOmics。 Amazon Command Line Interface

操作是大型程序的代码摘录，必须在上下文中运行。您可以通过操作了解如何调用单个服务函数，还可以通过函数相关场景和跨服务示例的上下文查看操作。

场景是展示如何通过在同一服务中调用多个函数来完成特定任务任务的代码示例。

每个示例都包含一个指向的链接 GitHub，您可以在其中找到有关如何在上下文中设置和运行代码的说明。

主题

操作

操作

以下代码示例演示如何使用 abort-multipart-read-set-upload。

Amazon CLI

要停止分段读取集上传

以下abort-multipart-read-set-upload示例停止将分段读取集上传到您的 HealthOmics 序列存储中。


aws omics abort-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455

此命令不生成任何输出。

有关更多信息，请参阅《Amazon HealthOmics 用户指南》中的直接上传到序列存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考AbortMultipartReadSetUpload中的。

以下代码示例演示如何使用 accept-share。

Amazon CLI

要接受分析存储数据的共享

以下accept-share示例接受一部分 HealthOmics 分析商店数据。


aws omics accept-share \
    ----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

输出：


{
    "status": "ACTIVATING"
}

有关更多信息，请参阅Amazon HealthOmics 用户指南中的跨账户共享。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考AcceptShare中的。

以下代码示例演示如何使用 batch-delete-read-set。

Amazon CLI

删除多个读取集

以下batch-delete-read-set示例删除了两个读取集。


aws omics batch-delete-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --ids 1234567890 0123456789

如果删除任何指定的读取集时出错，则该服务会返回错误列表。


{
    "errors": [
        {
            "code": "",
            "id": "0123456789",
            "message": "The specified readset does not exist."
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考BatchDeleteReadSet中的。

以下代码示例演示如何使用 cancel-annotation-import-job。

Amazon CLI

取消注释导入任务

以下cancel-annotation-import-job示例取消了 ID 为 ID 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997 的注释导入任务。


aws omics cancel-annotation-import-job \
    --job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考CancelAnnotationImportJob中的。

以下代码示例演示如何使用 cancel-run。

Amazon CLI

取消跑步

以下cancel-run示例取消带有 ID 1234567 的运行。


aws omics cancel-run \
    --id 1234567

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考CancelRun中的。

以下代码示例演示如何使用 cancel-variant-import-job。

Amazon CLI

取消变体导入任务

以下cancel-variant-import-job示例取消了带有 ID 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e 的变体导入任务。


aws omics cancel-variant-import-job \
    --job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考CancelVariantImportJob中的。

以下代码示例演示如何使用 complete-multipart-read-set-upload。

Amazon CLI

在上传完所有组件后，结束分段上传。

以下complete-multipart-read-set-upload示例将在所有组件都上传完毕后结束向序列存储的分段上传。


aws omics complete-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'

输出：


{
    "readSetId": "0000000001"
    "readSetId": "0000000002"
    "readSetId": "0000000003"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon HealthOmics 用户指南》中的直接上传到序列存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考CompleteMultipartReadSetUpload中的。

以下代码示例演示如何使用 create-annotation-store-version。

Amazon CLI

创建注释存储库的新版本

以下create-annotation-store-version示例创建了注释存储库的新版本。


aws omics create-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

输出：


{
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "id": "3b93cdef69d2",
    "name": "my_annotation_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
    },
    "status": "CREATING",
    "versionName": "my_version"
}

有关更多信息，请参阅Amazon HealthOmics 用户指南中的创建注释存储库的新版本。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考CreateAnnotationStoreVersion中的。

以下代码示例演示如何使用 create-annotation-store。

Amazon CLI

示例 1：创建 VCF 注释存储库

以下create-annotation-store示例创建了 VCF 格式的注释存储库。


aws omics create-annotation-store \
    --name my_ann_store \
    --store-format VCF \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

输出：


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "VCF"
}

示例 2：创建 TSV 注释存储库

以下create-annotation-store示例创建 TSV 格式的注释存储库。


aws omics create-annotation-store \
    --name tsv_ann_store \
    --store-format TSV \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
    --store-options file://tsv-store-options.json

tsv-store-options.json为注释配置格式选项。


{
    "tsvStoreOptions": {
        "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
        "formatToHeader": {
            "CHR": "chromosome",
            "START": "start",
            "END": "end"
        },
        "schema": [
            {
                "chromosome": "STRING"
            },
            {
                "start": "LONG"
            },
            {
                "end": "LONG"
            },
            {
                "name": "STRING"
            }
        ]
    }
}

输出：


{
    "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
    "id": "861cxmpl96b0",
    "name": "tsv_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "TSV",
    "storeOptions": {
        "tsvStoreOptions": {
            "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
            "formatToHeader": {
                "CHR": "chromosome",
                "END": "end",
                "START": "start"
            },
            "schema": [
                {
                    "chromosome": "STRING"
                },
                {
                    "start": "LONG"
                },
                {
                    "end": "LONG"
                },
                {
                    "name": "STRING"
                }
            ]
        }
    }
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考CreateAnnotationStore中的。

以下代码示例演示如何使用 create-multipart-read-set-upload。

Amazon CLI

要开始分段读取，请先上传。

以下create-multipart-read-set-upload示例启动分段读取集上传。


aws omics create-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --name HG00146 \
    --source-file-type FASTQ \
    --subject-id mySubject\
    --sample-id mySample\
    --description "FASTQ for HG00146"\
    --generated-from "1000 Genomes"

输出：


{
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "description": "FASTQ for HG00146",
    "generatedFrom": "1000 Genomes",
    "name": "HG00146",
    "sampleId": "mySample",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "sourceFileType": "FASTQ",
    "subjectId": "mySubject",
    "uploadId": "1122334455"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon HealthOmics 用户指南》中的直接上传到序列存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考CreateMultipartReadSetUpload中的。

以下代码示例演示如何使用 create-reference-store。

Amazon CLI

创建参考存储库

以下create-reference-store示例创建了一个参考存储库my-ref-store。


aws omics create-reference-store \
    --name my-ref-store

输出：


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-ref-store"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考CreateReferenceStore中的。

以下代码示例演示如何使用 create-run-group。

Amazon CLI

创建跑步组

以下create-run-group示例创建了一个名为的运行组cram-converter。


aws omics create-run-group \
    --name cram-converter \
    --max-cpus 20 \
    --max-duration 600

输出：


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "id": "1234567",
    "tags": {}
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考CreateRunGroup中的。

以下代码示例演示如何使用 create-sequence-store。

Amazon CLI

创建序列存储

以下create-sequence-store示例创建了一个序列存储。


aws omics create-sequence-store \
    --name my-seq-store

输出：


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考CreateSequenceStore中的。

以下代码示例演示如何使用 create-share。

Amazon CLI

创建 HealthOmics 分析商店的共享

以下create-share示例说明如何创建可供账户外部订阅者接受的 HealthOmics 分析商店共享。


aws omics create-share \
    --resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
    --principal-subscriber "123456789012" \
    --name "my_Share-123"

输出：


{
    "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
    "name": "my_Share-123",
    "status": "PENDING"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon HealthOmics 用户指南》中的跨账户共享。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考CreateShare中的。

以下代码示例演示如何使用 create-variant-store。

Amazon CLI

创建多属性商店

以下create-variant-store示例创建了一个名为的变体商店my_var_store。


aws omics create-variant-store \
    --name my_var_store \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

输出：


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考CreateVariantStore中的。

以下代码示例演示如何使用 create-workflow。

Amazon CLI

创建工作流程

以下create-workflow示例创建了 WDL 工作流程。


aws omics create-workflow \
    --name cram-converter \
    --engine WDL \
    --definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
    --parameter-template file://workflow-params.json

workflow-crambam.zip是一个包含工作流程定义的 ZIP 存档。 workflow-params.json定义工作流程的运行时参数。


{
    "ref_fasta" : {
        "description": "Reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_fasta_index" : {
        "description": "Index of the reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_dict" : {
        "description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
        "optional": false
    },
    "input_cram" : {
        "description": "The Cram file to convert to BAM",
        "optional": false
    },
    "sample_name" : {
        "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
        "optional": false
    }
}

输出：


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "CREATING",
    "tags": {}
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考CreateWorkflow中的。

以下代码示例演示如何使用 delete-annotation-store-versions。

Amazon CLI

删除注释库版本

以下delete-annotation-store-versions示例删除注释库版本。


aws omics delete-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store \
    --versions my_version

输出：


{
    "errors": []
}

有关更多信息，请参阅Amazon HealthOmics 用户指南中的创建注释存储库的新版本。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考DeleteAnnotationStoreVersions中的。

以下代码示例演示如何使用 delete-annotation-store。

Amazon CLI

删除注释存储库

以下delete-annotation-store示例删除名为的注释存储库my_vcf_store。


aws omics delete-annotation-store \
    --name my_vcf_store

输出：


{
    "status": "DELETING"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考DeleteAnnotationStore中的。

以下代码示例演示如何使用 delete-reference-store。

Amazon CLI

删除参考资料库

以下delete-reference-store示例删除标识为 ID 的参考存储库1234567890。


aws omics delete-reference-store \
    --id 1234567890

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考DeleteReferenceStore中的。

以下代码示例演示如何使用 delete-reference。

Amazon CLI

删除参考文献

以下delete-reference示例删除引用。


aws omics delete-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考DeleteReference中的。

以下代码示例演示如何使用 delete-run-group。

Amazon CLI

删除跑步组

以下delete-run-group示例删除标识为 ID 的运行组1234567。


aws omics delete-run-group \
    --id 1234567

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考DeleteRunGroup中的。

以下代码示例演示如何使用 delete-run。

Amazon CLI

要删除工作流程，请运行

以下delete-run示例删除带有 ID 的运行1234567。


aws omics delete-run \
    --id 1234567

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考DeleteRun中的。

以下代码示例演示如何使用 delete-sequence-store。

Amazon CLI

删除序列存储

以下delete-sequence-store示例删除 ID 为 ID 的序列存储1234567890。


aws omics delete-sequence-store \
    --id 1234567890

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考DeleteSequenceStore中的。

以下代码示例演示如何使用 delete-share。

Amazon CLI

删除共享的 HealthOmics 分析数据

以下delete-share示例删除了跨账户共享的分析数据。


aws omics delete-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

输出：


{
    "status": "DELETING"
}

有关更多信息，请参阅Amazon HealthOmics 用户指南中的跨账户共享。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考DeleteShare中的。

以下代码示例演示如何使用 delete-variant-store。

Amazon CLI

删除多属性商店

以下delete-variant-store示例删除名为的变体存储my_var_store。


aws omics delete-variant-store \
    --name my_var_store

输出：


{
    "status": "DELETING"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考DeleteVariantStore中的。

以下代码示例演示如何使用 delete-workflow。

Amazon CLI

删除工作流程

以下delete-workflow示例删除了带有 ID 的工作流程1234567。


aws omics delete-workflow \
    --id 1234567

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考DeleteWorkflow中的。

以下代码示例演示如何使用 get-annotation-import-job。

Amazon CLI

查看注释导入作业

以下get-annotation-import-job示例获取有关注释导入任务的详细信息。


aws omics get-annotation-import-job \
    --job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf

输出：


{
    "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
    "destinationName": "tsv_ann_store",
    "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "COMPLETED",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "COMPLETED",
    "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetAnnotationImportJob中的。

以下代码示例演示如何使用 get-annotation-store-version。

Amazon CLI

检索注解存储版本的元数据

以下get-annotation-store-version示例检索所请求的注释存储版本的元数据。


aws omics get-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

输出：


{
    "storeId": "4934045d1c6d",
    "id": "2a3f4a44aa7b",
    "status": "ACTIVE",
    "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
    "name": "my_annotation_store",
    "versionName": "my_version",
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
    "statusMessage": "",
    "versionSizeBytes": 0
}

有关更多信息，请参阅Amazon HealthOmics 用户指南中的创建注释存储库的新版本。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetAnnotationStoreVersion中的。

以下代码示例演示如何使用 get-annotation-store。

Amazon CLI

查看注释存储库

以下get-annotation-store示例获取有关名为的注释存储的详细信息my_ann_store。


aws omics get-annotation-store \
    --name my_ann_store

输出：


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
    "storeFormat": "VCF",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {}
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetAnnotationStore中的。

以下代码示例演示如何使用 get-read-set-activation-job。

Amazon CLI

查看读取集激活作业

以下get-read-set-activation-job示例获取有关读取集激活作业的详细信息。


aws omics get-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

输出：


{
    "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "readSetId": "1234567890",
            "status": "FINISHED",
            "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
        }
    ],
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job completed successfully."
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetReadSetActivationJob中的。

以下代码示例演示如何使用 get-read-set-export-job。

Amazon CLI

查看读取集导出作业

以下get-read-set-export-job示例获取有关读取集导出任务的详细信息。


aws omics get-read-set-export-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

输出：


{
    "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetReadSetExportJob中的。

以下代码示例演示如何使用 get-read-set-import-job。

Amazon CLI

查看读取集导入作业

以下get-read-set-import-job示例获取有关读取集导入任务的详细信息。


aws omics get-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

输出：


{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "name": "HG00100",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "bam-sample",
            "sourceFileType": "BAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "bam-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "bam-sample",
                "aws:omics:subjectId": "bam-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sourceFileType": "FASTQ",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
                "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "fastq-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
                "aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00096",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "cram-sample",
            "sourceFileType": "CRAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "cram-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "cram-sample",
                "aws:omics:subjectId": "cram-subject"
            }
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetReadSetImportJob中的。

以下代码示例演示如何使用 get-read-set-metadata。

Amazon CLI

查看已读集

以下get-read-set-metadata示例获取有关读取集文件的详细信息。


aws omics get-read-set-metadata \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

输出：


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
    "fileType": "FASTQ",
    "files": {
        "source1": {
            "contentLength": 310054739,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        },
        "source2": {
            "contentLength": 307846621,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "name": "HG00146",
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "sampleId": "fastq-sample",
    "sequenceInformation": {
        "alignment": "UNALIGNED",
        "totalBaseCount": 677717384,
        "totalReadCount": 8917334
    },
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "subjectId": "fastq-subject"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetReadSetMetadata中的。

以下代码示例演示如何使用 get-read-set。

Amazon CLI

下载读取集

以下get-read-set示例将读取集的第 3 部分下载为1234567890.3.bam。


aws omics get-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 3  1234567890.3.bam

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetReadSet中的。

以下代码示例演示如何使用 get-reference-import-job。

Amazon CLI

查看参考文献导入作业

以下get-reference-import-job示例获取有关引用导入任务的详细信息。


aws omics get-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

输出：


{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sources": [
        {
            "name": "assembly-38",
            "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress."
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetReferenceImportJob中的。

以下代码示例演示如何使用 get-reference-metadata。

Amazon CLI

查看参考文献

以下get-reference-metadata示例获取有关参考文献的详细信息。


aws omics get-reference-metadata \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

输出：


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
    "files": {
        "index": {
            "contentLength": 160928,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 1
        },
        "source": {
            "contentLength": 3249912778,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 31
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
    "name": "assembly-38",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetReferenceMetadata中的。

以下代码示例演示如何使用 get-reference-store。

Amazon CLI

查看参考资料库

以下get-reference-store示例获取有关参考存储的详细信息。


aws omics get-reference-store \
    --id 1234567890

输出：


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-rstore-0"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetReferenceStore中的。

以下代码示例演示如何使用 get-reference。

Amazon CLI

下载基因组参考文献

以下get-reference示例将基因组的第 1 部分下载为hg38.1.fa。


aws omics get-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 1 hg38.1.fa

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetReference中的。

以下代码示例演示如何使用 get-run-group。

Amazon CLI

查看跑步组

以下get-run-group示例获取有关跑步组的详细信息。


aws omics get-run-group \
    --id 1234567

输出：


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 20,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetRunGroup中的。

以下代码示例演示如何使用 get-run-task。

Amazon CLI

查看任务

以下get-run-task示例获取有关工作流程任务的详细信息。


aws omics get-run-task \
    --id 1234567 \
    --task-id 1234567

输出：


{
    "cpus": 1,
    "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
    "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
    "memory": 15,
    "name": "CramToBamTask",
    "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
    "taskId": "1234567"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetRunTask中的。

以下代码示例演示如何使用 get-run。

Amazon CLI

要查看工作流程，请运行

以下get-run示例获取有关工作流程运行的详细信息。


aws omics get-run \
    --id 1234567

输出：


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "id": "1234567",
    "name": "cram-to-bam",
    "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
    "parameters": {
        "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
        "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
        "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
        "sample_name": "NA12878",
        "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
    },
    "resourceDigests": {
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
    "status": "STARTING",
    "tags": {},
    "workflowId": "1234567",
    "workflowType": "PRIVATE"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetRun中的。

以下代码示例演示如何使用 get-sequence-store。

Amazon CLI

查看序列存储

以下get-sequence-store示例获取有关带有 ID 的序列存储的详细信息1234567890。


aws omics get-sequence-store \
    --id 1234567890

输出：


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetSequenceStore中的。

以下代码示例演示如何使用 get-share。

Amazon CLI

检索有关 HealthOmics 分析数据份额的元数据

以下get-share示例检索跨账户共享的分析数据的元数据。


aws omics get-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

输出：


{
    "share": {
        "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
        "name": "my_Share-123",
        "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
        "principalSubscriber": "123456789012",
        "ownerId": "555555555555",
        "status": "PENDING"
    }
}

有关更多信息，请参阅Amazon HealthOmics 用户指南中的跨账户共享。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetShare中的。

以下代码示例演示如何使用 get-variant-import-job。

Amazon CLI

查看变体导入任务

以下get-variant-import-job示例获取有关变体导入任务的详细信息。


aws omics get-variant-import-job \
    --job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508

输出：


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
    "destinationName": "my_var_store",
    "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "IN_PROGRESS",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "IN_PROGRESS",
    "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetVariantImportJob中的。

以下代码示例演示如何使用 get-variant-store。

Amazon CLI

查看多属性商店

以下get-variant-store示例获取有关变体商店的详细信息。


aws omics get-variant-store \
    --name my_var_store

输出：


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {},
    "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetVariantStore中的。

以下代码示例演示如何使用 get-workflow。

Amazon CLI

查看工作流程

以下get-workflow示例获取有关带有 ID 的工作流程的详细信息1234567。


aws omics get-workflow \
    --id 1234567

输出：


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "engine": "WDL",
    "id": "1234567",
    "main": "workflow-crambam.wdl",
    "name": "cram-converter",
    "parameterTemplate": {
        "ref_dict": {
            "description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
        },
        "ref_fasta_index": {
            "description": "Index of the reference genome fasta file"
        },
        "ref_fasta": {
            "description": "Reference genome fasta file"
        },
        "input_cram": {
            "description": "The Cram file to convert to BAM"
        },
        "sample_name": {
            "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
        }
    },
    "status": "ACTIVE",
    "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n    workflow CramToBamFlow\n        call CramToBamTask\n        call ValidateSamFile\n    task CramToBamTask\n    task ValidateSamFile\n",
    "tags": {},
    "type": "PRIVATE"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考GetWorkflow中的。

以下代码示例演示如何使用 list-annotation-import-jobs。

Amazon CLI

获取注释导入任务列表

以下list-annotation-import-jobs是注释导入任务的列表。


aws omics list-annotation-import-jobs

输出：


{
    "annotationImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
            "destinationName": "gff_ann_store",
            "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
            "destinationName": "my_ann_store",
            "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "FAILED",
            "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListAnnotationImportJobs中的。

以下代码示例演示如何使用 list-annotation-store-versions。

Amazon CLI

列出注释库的所有版本。

以下list-annotation-store-versions示例列出了注释存储库的所有现有版本。


aws omics list-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store

输出：


{
    "annotationStoreVersions": [
        {
        "storeId": "4934045d1c6d",
        "id": "2a3f4a44aa7b",
        "status": "CREATING",
        "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
        "name": "my_annotation_store",
        "versionName": "my_version_2",
        "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
        "versionSizeBytes": 0
},
{
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "4934045d1c6d",
     "status": "ACTIVE",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version_1",
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
     "statusMessage": "",
     "versionSizeBytes": 0
     }

}

有关更多信息，请参阅Amazon HealthOmics 用户指南中的创建注释存储库的新版本。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListAnnotationStoreVersions中的。

以下代码示例演示如何使用 list-annotation-stores。

Amazon CLI

获取注释存储库列表

以下list-annotation-stores示例获取注释存储列表。


aws omics list-annotation-stores

输出：


{
    "annotationStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
            "id": "0a91xmplc71f",
            "name": "my_ann_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "ACTIVE",
            "statusMessage": "",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
            "storeFormat": "VCF",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListAnnotationStores中的。

以下代码示例演示如何使用 list-multipart-read-set-uploads。

Amazon CLI

要列出所有分段读取设置上传及其状态。

以下list-multipart-read-set-uploads示例列出了所有分段读取集上传及其状态。


aws omics list-multipart-read-set-uploads \
    --sequence-store-id 0123456789

输出：


{
"uploads":
    [
        {
           "sequenceStoreId": "0123456789",
           "uploadId": "8749584421",
           "sourceFileType": "FASTQ",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "name": "HG00146",
            "description": "FASTQ for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "5290538638",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00146",
            "description": "BAM for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "4174220862",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00147",
            "description": "BAM for HG00147",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon HealthOmics 用户指南》中的直接上传到序列存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListMultipartReadSetUploads中的。

以下代码示例演示如何使用 list-read-set-activation-jobs。

Amazon CLI

获取读集激活任务列表

以下list-read-set-activation-jobs示例获取 id 为序列存储的激活任务列表1234567890。


aws omics list-read-set-activation-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

输出：


{
    "activationJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListReadSetActivationJobs中的。

以下代码示例演示如何使用 list-read-set-export-jobs。

Amazon CLI

获取读取集导出任务列表

以下list-read-set-export-jobs示例获取 id 为序列存储的导出任务列表1234567890。


aws omics list-read-set-export-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

输出：


{
    "exportJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListReadSetExportJobs中的。

以下代码示例演示如何使用 list-read-set-import-jobs。

Amazon CLI

获取读取集导入任务列表

以下list-read-set-import-jobs示例获取 id 为序列存储的导入任务列表1234567890。


aws omics list-read-set-import-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

输出：


{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
            "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
            "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListReadSetImportJobs中的。

以下代码示例演示如何使用 list-read-set-upload-parts。

Amazon CLI

列出序列存储请求的分段上传中的所有分段。

以下list-read-set-upload-parts示例列出了为序列存储请求的分段上传中的所有分段。


aws omics list-read-set-upload-parts \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1

输出：


{
    "parts": [
        {
            "partNumber": 1,
            "partSize": 94371840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
        {
            "partNumber": 2,
            "partSize": 10471840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
      ]

}

有关更多信息，请参阅《Amazon HealthOmics 用户指南》中的直接上传到序列存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListReadSetUploadParts中的。

以下代码示例演示如何使用 list-read-sets。

Amazon CLI

获取读取集列表

以下list-read-sets示例获取 id 为序列存储的读取集列表1234567890。


aws omics list-read-sets \
    --sequence-store-id 1234567890

输出：


{
    "readSets": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
            "fileType": "FASTQ",
            "id": "1234567890",
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "subjectId": "fastq-subject"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListReadSets中的。

以下代码示例演示如何使用 list-reference-import-jobs。

Amazon CLI

获取参考导入任务列表

以下list-reference-import-jobs示例获取了 ID 为 ID 的参考存储的参考文献导入任务列表1234567890。


aws omics list-reference-import-jobs \
    --reference-store-id 1234567890

输出：


{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
            "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListReferenceImportJobs中的。

以下代码示例演示如何使用 list-reference-stores。

Amazon CLI

获取参考商店列表

以下list-reference-stores示例获取参考商店列表。


aws omics list-reference-stores

输出：


{
    "referenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-ref-store"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListReferenceStores中的。

以下代码示例演示如何使用 list-references。

Amazon CLI

获取参考文献清单

以下list-references示例获取标识为 id 的参考库的基因组参考文献列表1234567890。


aws omics list-references \
    --reference-store-id 1234567890

输出：


{
    "references": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
            "id": "1234567890",
            "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
            "name": "assembly-38",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListReferences中的。

以下代码示例演示如何使用 list-run-groups。

Amazon CLI

获取跑步组列表

以下list-run-groups示例获取了运行组列表。


aws omics list-run-groups

输出：


{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
            "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
            "id": "1234567",
            "maxCpus": 20,
            "maxDuration": 600,
            "name": "cram-convert"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListRunGroups中的。

以下代码示例演示如何使用 list-run-tasks。

Amazon CLI

获取任务清单

以下list-run-tasks示例获取工作流程运行的任务列表。


aws omics list-run-tasks \
    --id 1234567

输出：


{
    "items": [
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
            "memory": 15,
            "name": "CramToBamTask",
            "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
            "taskId": "1234567"
        },
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
            "memory": 4,
            "name": "ValidateSamFile",
            "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
            "taskId": "1234567"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListRunTasks中的。

以下代码示例演示如何使用 list-runs。

Amazon CLI

获取工作流程运行列表

以下list-runs示例获取工作流程运行列表。


aws omics list-runs

输出：


{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
            "status": "FAILED",
            "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "status": "STARTING",
            "workflowId": "1234567"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListRuns中的。

以下代码示例演示如何使用 list-sequence-stores。

Amazon CLI

获取序列存储列表

以下list-sequence-stores示例获取序列存储列表。


aws omics list-sequence-stores

输出：


{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-seq-store"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListSequenceStores中的。

以下代码示例演示如何使用 list-shares。

Amazon CLI

列出 HealthOmics 分析数据的可用份额

以下list-shares示例列出了为资源所有者创建的所有共享。


aws omics list-shares \
    --resource-owner SELF

输出：


{
    "shares": [
        {
            "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
            "name": "myShare",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "PENDING"
        }
        {
            "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
            "name": "myShare3456",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        },
        {
            "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
            "name": "myShare4",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅Amazon HealthOmics 用户指南中的跨账户共享。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListShares中的。

以下代码示例演示如何使用 list-tags-for-resource。

Amazon CLI

获取标签列表

以下list-tags-for-resource示例获取带有 id 的工作流程的标签列表1234567。


aws omics list-tags-for-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567

输出：


{
    "tags": {
        "department": "analytics"
    }
}

有关更多信息，请参阅《亚马逊 Omics 开发者指南》中的在 Amazon Omics 中为资源添加标签。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListTagsForResource中的。

以下代码示例演示如何使用 list-variant-import-jobs。

Amazon CLI

获取变体导入任务列表

以下list-variant-import-jobs示例获取变体导入任务列表。


aws omics list-variant-import-jobs

输出：


{
    "variantImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListVariantImportJobs中的。

以下代码示例演示如何使用 list-variant-stores。

Amazon CLI

获取变体商店列表

以下list-variant-stores示例获取变体商店列表。


aws omics list-variant-stores

输出：


{
    "variantStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
            "id": "02dexmplcfdd",
            "name": "my_var_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "CREATING",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
            "id": "8777xmpl1a24",
            "name": "myvstore0",
            "status": "ACTIVE",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListVariantStores中的。

以下代码示例演示如何使用 list-workflows。

Amazon CLI

获取工作流程列表

以下list-workflows示例获取工作流程列表。


aws omics list-workflows

输出：


{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
            "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
            "id": "1234567",
            "name": "my-wkflow-0",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
            "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-converter",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        }
    ]
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考ListWorkflows中的。

以下代码示例演示如何使用 start-annotation-import-job。

Amazon CLI

导入注释

以下start-annotation-import-job示例从 Amazon S3 导入注释。


aws omics start-annotation-import-job \
    --destination-name tsv_ann_store \
    --no-run-left-normalization \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz

输出：


{
    "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考StartAnnotationImportJob中的。

以下代码示例演示如何使用 start-read-set-activation-job。

Amazon CLI

激活已存档的读取集

以下start-read-set-activation-job示例激活了两个读取集。


aws omics start-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890

输出：


{
    "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考StartReadSetActivationJob中的。

以下代码示例演示如何使用 start-read-set-export-job。

Amazon CLI

导出读取集

以下start-read-set-export-job示例将两个读取集导出到 Amazon S3。


   aws omics start-read-set-export-job \
       --sequence-store-id 1234567890 \
       --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
       --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
       --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/

输出：


{
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考StartReadSetExportJob中的。

以下代码示例演示如何使用 start-read-set-import-job。

Amazon CLI

导入读取集

以下start-read-set-import-job示例导入读取集。


aws omics start-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources file://readset-sources.json

readset-sources.json 是一个 JSON 文档，内容如下。


[
    {
        "sourceFiles":
        {
            "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
        },
        "sourceFileType": "BAM",
        "subjectId": "bam-subject",
        "sampleId": "bam-sample",
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
        "name": "HG00100"
    }
]

输出：


{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考StartReadSetImportJob中的。

以下代码示例演示如何使用 start-reference-import-job。

Amazon CLI

导入参考基因组

以下start-reference-import-job示例从 Amazon S3 导入参考基因组。


aws omics start-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38

输出：


{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "status": "SUBMITTED"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考StartReferenceImportJob中的。

以下代码示例演示如何使用 start-run。

Amazon CLI

运行工作流程

以下start-run示例运行一个带有 ID 的工作流程1234567。


aws omics start-run \
    --workflow-id 1234567 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --name 'cram-to-bam' \
    --output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
    --run-group-id 1234567 \
    --priority 1 \
    --storage-capacity 10 \
    --log-level ALL \
    --parameters file://workflow-inputs.json

workflow-inputs.json 是一个 JSON 文档，内容如下。


{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
    "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}

输出：


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "PENDING",
    "tags": {}
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

从 Amazon Omics 加载源文件

您还可以使用特定于服务的 URI 从 Amazon Omics 存储空间加载源文件。以下示例工作流-inputs.json 文件使用 Amazon Omics URI 作为读取集和参考基因组源。


{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
    "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考StartRun中的。

以下代码示例演示如何使用 start-variant-import-job。

Amazon CLI

导入变体文件

以下start-variant-import-job示例导入 VCF 格式的变体文件。


aws omics start-variant-import-job \
    --destination-name my_var_store \
    --no-run-left-normalization  \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz

输出：


{
    "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考StartVariantImportJob中的。

以下代码示例演示如何使用 tag-resource。

Amazon CLI

为资源添加标签

以下tag-resource示例向工作流程添加department标记，标识为1234567。


aws omics tag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tags department=analytics

有关更多信息，请参阅《亚马逊 Omics 开发者指南》中的在 Amazon Omics 中为资源添加标签。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考TagResource中的。

以下代码示例演示如何使用 untag-resource。

Amazon CLI

从资源中移除标签

以下untag-resource示例将department标签从工作流程中移除。


aws omics untag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tag-keys department

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考UntagResource中的。

以下代码示例演示如何使用 update-annotation-store。

Amazon CLI

更新注释存储库

以下update-annotation-store示例更新了名为的注释存储库的描述my_vcf_store。


aws omics update-annotation-store \
    --name my_vcf_store \
    --description "VCF annotation store"

输出：


{
    "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
    "description": "VCF annotation store",
    "id": "bd6axmpl2444",
    "name": "my_vcf_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "storeFormat": "VCF",
    "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考UpdateAnnotationStore中的。

以下代码示例演示如何使用 update-run-group。

Amazon CLI

更新跑步组

以下update-run-group示例更新了带有 id 的跑步组的设置1234567。


aws omics update-run-group \
    --id 1234567 \
    --max-cpus 10

输出：


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 10,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 工作流程。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考UpdateRunGroup中的。

以下代码示例演示如何使用 update-variant-store。

Amazon CLI

更新多属性商店

以下update-variant-store示例更新了名为的变体商店的描述my_var_store。


aws omics update-variant-store \
    --name my_var_store \
    --description "variant store"

输出：


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "description": "variant store",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics Analyt ics。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考UpdateVariantStore中的。

以下代码示例演示如何使用 update-workflow。

Amazon CLI

更新工作流程

以下update-workflow示例更新了带有 ID 的工作流程的描述1234567。


aws omics update-workflow \
    --id 1234567 \
    --description "copy workflow"

有关更多信息，请参阅《Amazon Omics 开发者指南》中的 Omics 存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考UpdateWorkflow中的。

以下代码示例演示如何使用 upload-read-set-part。

Amazon CLI

上传读取集分段。

以下upload-read-set-part示例上传读取集的指定部分。


aws omics upload-read-set-part \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1 \
    --part-number 1 \
    --payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz

输出：


{
    "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}

有关更多信息，请参阅《Amazon HealthOmics 用户指南》中的直接上传到序列存储。

有关 API 的详细信息，请参阅Amazon CLI 命令参考UploadReadSetPart中的。

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