自定义引导操作 Amazon ParallelCluster 2.x 和 3.x 使用不同的配置文件语法包容性语言调度器支持 Amazon ParallelCluster CLI IMDS 配置更新

从 Amazon ParallelCluster 2.x 迁移到 3.x

自定义引导操作

使用 Amazon ParallelCluster 3，您可以在 HeadNode 和 Scheduling/SlurmQueues 部分中使用 OnNodeStart（在 Amazon ParallelCluster 版本 2 中为 pre_install）和 OnNodeConfigured（在 Amazon ParallelCluster 版本 2 中为 post_install）参数，为头节点和计算节点指定不同的自定义引导操作脚本。有关更多信息，请参阅自定义引导操作。

为 Amazon ParallelCluster 2 开发的自定义引导操作脚本必须经过调整才能在 Amazon ParallelCluster 3 中使用：

我们不建议使用 /etc/parallelcluster/cfnconfig 和 cfn_node_type 来区分头节点和计算节点。相反，我们建议您在 HeadNode 和 Scheduling/SlurmQueues 中指定两个不同的脚本。
如果您想要继续加载 /etc/parallelcluster/cfnconfig 以在引导操作脚本中使用，请注意将 cfn_node_type 的值从“MasterServer”更改为“HeadNode”（请参阅：包容性语言）。
在 Amazon ParallelCluster 2 上，引导操作脚本的第一个输入参数是脚本的 S3 URL，已被保留。在 Amazon ParallelCluster 3 中，只有在配置中配置的参数才会传递给脚本。

警告

不正式支持使用通过 /etc/parallelcluster/cfnconfig 文件提供的内部变量。此文件可能会在未来版本中删除。

Amazon ParallelCluster 2.x 和 3.x 使用不同的配置文件语法

Amazon ParallelCluster 3.x 配置使用 YAML 语法。有关完整参考，请参阅配置文件。

除了需要 YAML 文件格式外，Amazon ParallelCluster 3.x 中还更新了许多配置部分、设置和参数值。在本节中，我们将指出 Amazon ParallelCluster 配置的关键更改，并列举示例以说明每个 Amazon ParallelCluster 版本之间的这些差异。

启用和禁用超线程的多个调度器队列配置示例

Amazon ParallelCluster 2：


[cluster default]
queue_settings = ht-enabled, ht-disabled
...

[queue ht-enabled]
compute_resource_settings = ht-enabled-i1
disable_hyperthreading = false

[queue ht-disabled]
compute_resource_settings = ht-disabled-i1
disable_hyperthreading = true

[compute_resource ht-enabled-i1]
instance_type = c5n.18xlarge
[compute_resource ht-disabled-i1]
instance_type = c5.xlarge

Amazon ParallelCluster 3：


...
Scheduling:
  Scheduler: slurm
  SlurmQueues:
    - Name: ht-enabled
      Networking:
        SubnetIds:
          - compute_subnet_id
      ComputeResources:
        - Name: ht-enabled-i1
          DisableSimultaneousMultithreading: true
          InstanceType: c5n.18xlarge     
    - Name: ht-disabled
      Networking:
        SubnetIds:
          - compute_subnet_id
      ComputeResources:
        - Name: ht-disabled-i1
          DisableSimultaneousMultithreading: false
          InstanceType: c5.xlarge

新的适用于 Lustre 的 FSx 文件系统配置示例

Amazon ParallelCluster 2：


[cluster default]
fsx_settings = fsx
...

[fsx fsx]
shared_dir = /shared-fsx
storage_capacity = 1200
imported_file_chunk_size = 1024
import_path = s3://bucket
export_path = s3://bucket/export_dir
weekly_maintenance_start_time = 3:02:30
deployment_type = PERSISTENT_1
data_compression_type = LZ4

Amazon ParallelCluster 3：


...
SharedStorage:
  - Name: fsx
    MountDir: /shared-fsx
    StorageType: FsxLustre
    FsxLustreSettings:
      StorageCapacity: 1200
      ImportedFileChunkSize: 1024
      ImportPath: s3://bucket
      ExportPath: s3://bucket/export_dir
      WeeklyMaintenanceStartTime: "3:02:30"
      DeploymentType: PERSISTENT_1
      DataCompressionType: LZ4

挂载现有适用于 Lustre 的 FSx 文件系统的集群配置示例

Amazon ParallelCluster 2：


[cluster default]
fsx_settings = fsx
...

[fsx fsx]
shared_dir = /shared-fsx
fsx_fs_id = fsx_fs_id

Amazon ParallelCluster 3：


...
SharedStorage:
  - Name: fsx
    MountDir: /shared-fsx
    StorageType: FsxLustre
    FsxLustreSettings:
      FileSystemId: fsx_fs_id

使用 Intel HPC 平台规范软件堆栈的集群示例

Amazon ParallelCluster 2：


[cluster default]
enable_intel_hpc_platform = true
...

Amazon ParallelCluster 3：


...
AdditionalPackages:
  IntelSoftware:
    IntelHpcPlatform: true

备注:

Intel HPC 平台规范软件的安装受适用的 Intel 最终用户许可协议条款和条件的约束。

自定义 IAM 配置的示例，包括：实例配置文件、实例角色、实例的其他策略以及与集群关联的 lambda 函数的角色

Amazon ParallelCluster 2：


[cluster default]
additional_iam_policies = arn:aws:iam::aws:policy/AmazonS3ReadOnlyAccess,arn:aws:iam::aws:policy/AmazonDynamoDBReadOnlyAccess
ec2_iam_role = ec2_iam_role
iam_lambda_role = lambda_iam_role
...

Amazon ParallelCluster 3：


...
Iam:
  Roles:
    CustomLambdaResources: lambda_iam_role
HeadNode:
  ...
  Iam:
    InstanceRole: ec2_iam_role
Scheduling:
  Scheduler: slurm
  SlurmQueues:
    - Name: queue1
      ...
      Iam:
        InstanceProfile: iam_instance_profile
    - Name: queue2
      ...
      Iam:
        AdditionalIamPolicies:
          - Policy: arn:aws:iam::aws:policy/AmazonS3ReadOnlyAccess
          - Policy: arn:aws:iam::aws:policy/AmazonDynamoDBReadOnlyAccess

备注:

对于 Amazon ParallelCluster 2，IAM 设置应用于集群的所有实例，并且不能将 additional_iam_policies 与 ec2_iam_role 结合使用。
对于 Amazon ParallelCluster 3，头节点和计算节点可以具有不同的 IAM 设置，甚至可以为每个计算队列指定不同的 IAM 设置。
对于 Amazon ParallelCluster 3，您可以使用 IAM 实例配置文件作为 IAM 角色的替代项。InstanceProfile、InstanceRole 或 AdditionalIamPolicies 不能一起配置。

自定义引导操作示例

Amazon ParallelCluster 2：


[cluster default]
s3_read_resource = arn:aws:s3:::bucket_name/*
pre_install = s3://bucket_name/scripts/pre_install.sh
pre_install_args = 'R curl wget'
post_install = s3://bucket_name/scripts/post_install.sh
post_install_args = "R curl wget"
...

Amazon ParallelCluster 3：


...
HeadNode:
  ...
  CustomActions:
    OnNodeStart:
      Script: s3://bucket_name/scripts/pre_install.sh
      Args:
        - R
        - curl
        - wget
    OnNodeConfigured:
      Script: s3://bucket_name/scripts/post_install.sh
      Args: ['R', 'curl', 'wget']
  Iam:
    S3Access:
      - BucketName: bucket_name
Scheduling:
  Scheduler: slurm
  SlurmQueues:
    - Name: queue1
      ...
      CustomActions:
        OnNodeStart:
          Script: s3://bucket_name/scripts/pre_install.sh
          Args: ['R', 'curl', 'wget']
        OnNodeConfigured:
          Script: s3://bucket_name/scripts/post_install.sh
          Args: ['R', 'curl', 'wget']
      Iam:
        S3Access:
          - BucketName: bucket_name

对 S3 存储桶资源具有读写访问权限的集群示例

Amazon ParallelCluster 2：


[cluster default]
s3_read_resource = arn:aws:s3:::bucket/read_only/*
s3_read_write_resource = arn:aws:s3:::bucket/read_and_write/*
...

Amazon ParallelCluster 3：


...
HeadNode:
  ...
  Iam:
    S3Access:
      - BucketName: bucket_name
        KeyName: read_only/
        EnableWriteAccess: False
      - BucketName: bucket_name
        KeyName: read_and_write/
        EnableWriteAccess: True
Scheduling:
  Scheduler: slurm
  SlurmQueues:
    - Name: queue1
      ...
      Iam:
        S3Access:
          - BucketName: bucket_name
            KeyName: read_only/
            EnableWriteAccess: False
          - BucketName: bucket_name
            KeyName: read_and_write/
            EnableWriteAccess: True

包容性语言

Amazon ParallelCluster 3 中使用“头节点”一词代替 Amazon ParallelCluster 2 中使用的“主节点”。这包括以下这些：

在 Amazon Batch 作业环境中导出的变量：从 MASTER_IP 更改为 PCLUSTER_HEAD_NODE_IP。
所有 Amazon CloudFormation 输出都从 Master* 更改为 HeadNode*。
所有 NodeType 和标签都从 Master 更改为 HeadNode。

调度器支持

Amazon ParallelCluster 3.x 不支持 Son of Grid Engine (SGE) 和 Torque 调度器。

Amazon Batch 命令 awsbhosts、awsbkill、awsbout、awsbqueues、awsbstat 和 awsbsub 作为单独的 aws-parallelcluster-awsbatch-cli PyPI 程序包分发。此程序包由 Amazon ParallelCluster 安装在头节点上。您仍然可以从集群的头节点上使用这些 Amazon Batch 命令。但如果您希望从头节点以外的其他位置使用 Amazon Batch 命令，则必须先安装 aws-parallelcluster-awsbatch-cli PyPI 程序包。

Amazon ParallelCluster CLI

Amazon ParallelCluster 命令行界面 (CLI) 已更改。Amazon ParallelCluster CLI 命令中描述了新语法。CLI 的输出格式为 JSON 字符串。

配置新集群

与 Amazon ParallelCluster 2 相比，Amazon ParallelCluster 3 中的 pcluster configure 命令包含不同的参数。有关更多信息，请参阅 pcluster configure。

另请注意，配置文件语法已更改，不再与 Amazon ParallelCluster 2 相同。有关集群配置设置的完整参考，请参阅集群配置文件。

创建新集群

Amazon ParallelCluster 2 的 pcluster create 命令已被 pcluster create-cluster 命令取代。

请注意，在不使用 -nw 选项的情况下，Amazon ParallelCluster 2.x 中的默认行为是等待集群创建事件，而 Amazon ParallelCluster 3.x 命令会立即返回。可以使用 pcluster describe-cluster 监控集群创建进度。

Amazon ParallelCluster 3 配置文件包含单个集群定义，因此不再需要 -t 参数。

下面是一个配置文件示例。


# Amazon ParallelCluster v2
$ pcluster create \
    -r REGION \
    -c V2_CONFIG_FILE \
    -nw \
    -t CLUSTER_TEMPLATE \
    CLUSTER_NAME

# Amazon ParallelCluster v3
$ pcluster create-cluster \
    --region REGION \
    --cluster-configuration V3_CONFIG_FILE \
    --cluster-name CLUSTER_NAME

列出集群

必须将 pcluster list Amazon ParallelCluster 2.x 命令替换为 pcluster list-clusters 命令。

注意：您需要 Amazon ParallelCluster v2 CLI 才能列出使用 2.x 版本的 Amazon ParallelCluster 创建的集群。请参阅Amazon ParallelCluster 在虚拟环境中安装（推荐），了解如何使用虚拟环境安装 Amazon ParallelCluster 的多个版本。


# Amazon ParallelCluster v2
$ pcluster list -r REGION

# Amazon ParallelCluster v3
$ pcluster list-clusters --region REGION

启动和停止集群

必须将 pcluster start 和 pcluster stop Amazon ParallelCluster 2.x 命令替换为 pcluster update-compute-fleet 命令。

启动计算实例集：


# Amazon ParallelCluster v2
$ pcluster start \
    -r REGION \
    CLUSTER_NAME

# Amazon ParallelCluster v3 - Slurm fleets
$ pcluster update-compute-fleet \
    --region REGION \
    --cluster-name CLUSTER_NAME \
    --status START_REQUESTED

# Amazon ParallelCluster v3 - Amazon Batch fleets
$ pcluster update-compute-fleet \
    --region REGION \
    --cluster-name CLUSTER_NAME \
    --status ENABLED

停止计算实例集：


# Amazon ParallelCluster v2
$ pcluster stop \
    -r REGION \
    CLUSTER_NAME

# Amazon ParallelCluster v3 - Slurm fleets
$ pcluster update-compute-fleet \
    --region REGION \
    --cluster-name CLUSTER_NAME \
    --status STOP_REQUESTED

# Amazon ParallelCluster v3 - Amazon Batch fleets
$ pcluster update-compute-fleet \
    --region REGION \
    --cluster-name CLUSTER_NAME \
    --status DISABLED

连接到集群

pcluster ssh Amazon ParallelCluster 2.x 命令在 Amazon ParallelCluster 3.x 中具有不同的参数名称。请参阅 pcluster ssh。

连接到集群：


# Amazon ParallelCluster v2
$ pcluster ssh \
    -r REGION \
    CLUSTER_NAME \
    -i ~/.ssh/id_rsa

# Amazon ParallelCluster v3
$ pcluster ssh \
    --region REGION \
    --cluster-name CLUSTER_NAME \
    -i ~/.ssh/id_rsa

IMDS 配置更新

从版本 3.0.0 开始，Amazon ParallelCluster 引入了对默认情况下仅限一部分超级用户访问头节点 IMDS（和实例配置文件凭证）的支持。有关更多信息，请参阅 Imds 属性。

Javascript 在您的浏览器中被禁用或不可用。

要使用 Amazon Web Services 文档，必须启用 Javascript。请参阅浏览器的帮助页面以了解相关说明。

最佳实践

Amazon ParallelCluster 的支持区域