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在 Amazon ParallelCluster 上运行首个作业
本教程将引导你完成你的第一个 Hello World 任务Amazon ParallelCluster
先决条件
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Amazon ParallelCluster已安装。
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Amazon CLI已安装并配置。
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您有一个 EC2 key pair。
验证安装
首先,我们验证安装和配置Amazon ParallelCluster是否正确,包括 Node.js 依赖项。
$
node --version
v16.8.0
$
pcluster version
{ "version": "3.5.0" }
这将返回正在运行的 Amazon ParallelCluster 版本。
创建您从中创建您从中创建
现在应该创建您的第一个集群了。由于本教程的工作负载不是性能密集型的,因此,我们可以使用 t2.micro
的默认实例大小。(对于生产工作负载,您需要选择最适合您的需求的实例大小。) 让我们给你的集群起个名字hello-world
。
$
pcluster create-cluster \ --cluster-name hello-world \ --cluster-configuration hello-world.yaml
必须Amazon Web Services 区域为大多数pcluster
命令指定要使用的。如果未在AWS_DEFAULT_REGION
环境变量或~/.aws/config
文件[default]
部分的region
设置中指定该--region
参数,则必须在pcluster
命令行上提供该参数。
如果输出为您提供有关配置的消息,则需要运行以下命令进行配置Amazon ParallelCluster:
$
pcluster configure --config hello-world.yaml
如果pcluster create-cluster命令成功,则将显示类似以下内容的输出:
{ "cluster": { "clusterName": "hello-world", "cloudformationStackStatus": "CREATE_IN_PROGRESS", "cloudformationStackArn": "arn:aws:cloudformation:xxx:stack/xxx", "region": "...", "version": "...", "clusterStatus": "CREATE_IN_PROGRESS" } }
您可以使用以下方法监控集群的创建:
$
pcluster describe-cluster --cluster-name hello-world
在创建集群时clusterStatus
报告CREATE_IN_PROGRESS
“”。成功创建群集后,会clusterStatus
转换为CREATE_COMPLETE
“”。输出还为我们提供了头节点privateIpAddress
的publicIpAddress
和。
登录您的头节点
使用您的 OpenSSH pem 文件登录您的头节点。
$
pcluster ssh --cluster-name hello-world -i /path/to/keyfile.pem
登录后,请运行命令 sinfo
以验证您的计算节点是否已设置和配置。
$
sinfo
PARTITION AVAIL TIMELIMIT NODES STATE NODELIST queue1* up infinite 10 idle~ queue1-dy-queue1t2micro-[1-10]
输出显示我们的集群中有一个队列,最多有十个节点。
使用 Slurm 运行你的第一份作业
接下来,我们将创建一个作业,该作业睡眠一小段时间,然后输出它自己的主机名。使用以下内容创建名为 hellojob.sh
的文件。
#!/bin/bash sleep 30 echo "Hello World from $(hostname)"
接下来,使用 sbatch
提交作业,并验证其是否运行。
$
sbatch hellojob.sh
Submitted batch job 2
现在,您可以查看您的队列并检查该作业的状态。新的 Amazon EC2 实例的配置在后台开始。您可以使用该sinfo
命令监控集群实例的状态。
$
squeue
JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) 2 queue1 hellojob ec2-user CF 3:30 1 queue1-dy-queue1t2micro-1
输出显示任务已提交给queue1
。请等候 30 秒,以便作业完成,然后再次运行 squeue
。
$
squeue
JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)
现在,队列中没有作业,我们可以检查当前目录中的输出。
$
ls -l
total 8 -rw-rw-r-- 1 ec2-user ec2-user 57 Sep 1 14:25 hellojob.sh -rw-rw-r-- 1 ec2-user ec2-user 43 Sep 1 14:30 slurm-2.out
在输出中,我们看到一个 “out
” 文件。我们可以看到我们工作的输出:
$
cat slurm-2.out
Hello World from queue1-dy-queue1t2micro-1
输出还显示我们的作业已在实例 queue1-dy-queue1t2micro-1
上成功运行。
在您刚刚创建的集群中,只有主目录在群集的所有节点之间共享。
要了解有关创建和使用集群的更多信息,请参阅最佳实践。
如果您的应用程序需要共享软件、库或数据,请考虑以下选项:
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构建包含您的软件的Amazon ParallelCluster已启用自定义 AMI,如中所述构建自定义 Amazon ParallelCluster AMI。
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使用Amazon ParallelCluster配置文件中的StorageSettings选项指定共享文件系统并将已安装的软件存储在指定的装载位置。
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自定义引导导导导导导操作用于自动执行集群中每个节点的引导过程。